Al sinds mensenheugenis huisde de brugklasafdeling van Melanchthon Schiebroek apart van leerjaar 2 en hoger. Sinds de jaren '90 was dit aan de Molenvijver in Schiebroek. Maar in 2007 werd, na een lange voorbereidingstijd, begonnen met een nieuw gebouw voor de brugklassers. Op de plek waar ooit ‘het klooster’ en de aula stonden, werd begonnen met een modern gebouw dat in september 2008 feestelijk werd geopend. Sindsdien startten er jaarlijks rond de 200 nieuwe leerlingen aan hun middelbare schoolloopbaan op Melanchthon Schiebroek.